Keuskupan Agats memiliki 14 Paroki, 3 Kuasi Paroki, dan 80 Stasi. Jumlah umat per 2018 tercatat 58.781 jiwa.
Ketua: RP Gratianus Boby Harimaipen, OSC
Katedral Salib Suci – Agats (Pusat Paroki)
Stasi: Syuru
Dilayani: RP Gratianus Bobby Harimaipen, OSC & RP Efron Lumban Gaol, OSC
Buku Paroki sejak 19 April 1952
Jumlah umat: 2.990
Paroki St. Martinus de Porres – Ayam (Pusat Paroki)
Stasi: Pau, Manep, Kateu, Ani, Betcoar
Dilayani: RD Fransiskus Vesto Labi Maing & Fr. Paulus
Buku Paroki sejak 28 Mei 1978
Jumlah umat: 5.816
Paroki St. Petrus – Ewer (Pusat Paroki)
Stasi: Yepem, Peer, Uwus
Dilayani: RP Robertus, OSC
Buku Paroki sejak 9 Maret 1969
Jumlah umat: 4.402
Paroki Kristus Raja – Mbait (Pusat Paroki)
Stasi: –
Dilayani: RD Innocentius Rettobjaan & Fr. Eli Duganata
Buku Paroki sejak 17 Desember 2005
Jumlah umat: 1.374
Kuasi Paroki St. Fransiskus Xaverius – Warse (Kuasi Paroki)
Stasi: Amborep, Sesakam
Dilayani: RP Wilhelmus Warat Bungan, OFM
Buku Kuasi Paroki sejak 28 Mei 1978
Jumlah umat: 1.398
Ketua: RD Hendrikus Hada
Paroki St. Gabriel – Kapi (Pusat Paroki)
Stasi: As, Atat, Aow, Omor
Dilayani: RD Hendrikus Antoin Ola & RD Pius Apriyanto Bria
Buku Paroki sejak –
Jumlah umat: 2.912
Paroki Martir-martir Muda Uganda – Komor (Pusat Paroki)
Stasi: Munu, Jipawer, Abamu
Dilayani: RD Lukas Lega Sando
Buku Paroki sejak –
Jumlah umat: 3.523
Kuasi Paroki St. Damian – Mumugu (Kuasi Paroki)
Stasi: Mumugu, Batas Batu, Kenyam
Dilayani: RD Siprianus Koten
Buku Kuasi Paroki sejak 2014
Jumlah umat: 1.161
Paroki Sta. Maria Assumpta – Sawa Erma (Pusat Paroki)
Stasi: Erma, Sona, Mbu-Agani, Saoti (Pos), Sawa, Pupis, Weo, Yakapis, Esmopan, Eroko
Dilayani: RP Vincent Paul Cole, MM, RD Bernardinus Rusmanto
Buku Paroki sejak 24 Juni 1959
Jumlah umat: 5.941
Paroki Sta. Silvia – Yamas-Yeni (Pusat Paroki)
Stasi: Yufri, Yaun, Omor, Onafai, Oap
Dilayani: RD. Laurensius A. Kupea
Buku Paroki sejak 13 Juli 1954
Jumlah umat: 4.306
Ketua: RP Medardus Eko Budi Setiawan, OSC
Paroki St. Paulus – Atsj (Pusat Paroki)
Stasi: Yasiu, Youw, Amanamkai, Biwar Laut, Ambisu, Coweu-Yameu, Sagare, Bipiem, Kawet, Atambuc
Dilayani: RP M. Eko Budi Setiawan, OSC, RP Freday Sihombing, OSC, RP Sangker Sihotang, OSC,
Sr. Marselina, KFS, & Sr. Klemensia, KFS.
Buku Paroki sejak 26 Desember 1957
Jumlah umat: 5.667
Paroki St. Yosep – Senggo (Pusat Paroki)
Stasi: Busiri, Keta, Epem
Dilayani: RD Athanasius Finyain
Buku Paroki sejak 16 Januari 1961
Jumlah umat: 1.721
Paroki St. Fransiskus Xaverius – Suator (Pusat Paroki: Karbis)
Stasi: Binam, Meda, Burbis, Asarep
Dilayani: RD Hilarius Salmon
Buku Paroki sejak –
Jumlah umat: 707
Paroki Sta. Anna – Yaosakor (Pusat Paroki)
Stasi: Damen, Biwar Darat, Kaimo
Dilayani: RP Sixtus Nurmalay, OSC & Fr. Heins Fincensius, OSC
Buku Paroki sejak 2 Februari 1972
Jumlah umat: 1.446
Ketua: RD Bavo Felndity
Paroki Bunda Hati Kudus – Basim (Pusat Paroki)
Stasi: Waras, Biopis, Naneu, Bagair, Omandesep, Ocenep, Yaptambor, Warkai, Piramat, Bawus
Dilayani: RD Bavo Felndity & RD Corneles Laritembun
Buku Paroki sejak 15 Februari 1971
Jumlah umat: 8.812
Paroki Roh Kudus – Bayun (Pusat Paroki)
Stasi: Kayirin, Santambor, Simsagar, Sanapai
Dilayani: RD Juan Baltimurik
Buku Paroki sejak 24 Maret 1977
Jumlah umat: 3.467
Kuasi Paroki St. Stefanus – Kamur (Kuasi Paroki)
Stasi: Yagamit, Amkum, Ero, Amagais, Amkai
Dilayani: RD Moses Amiset
Buku Paroki sejak –
Jumlah umat: 2.621
Paroki Hati Kudus – Pirimapun (Pusat Paroki)
Stasi: Tareo, Sanem, Aero, Sinipit, Aikut, Hahare Emene, Samendoro, Wagasu, Eyaram
Dilayani: RD Wilhelmus Kamamas & RD Abel Yandua Sanam
Buku Paroki sejak 15 Maret 1962
Jumlah umat: 3.382